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RFID技术在食品安全追溯应用中面临的困难
目前在国内已有部分大型企业开始运用RFID技术建立了食品安全追溯体系，但还未完全真正地使用起来，主要面临着如下困难：
(一）全球统一物品编码问题及频段标准问题
世界各国制定了许多RFID标准，但仍缺乏一个有关食品追溯的统一的国际标准，这给食品出口造成了极大的困难。如果物品编码信息不统一，又或者整个链上的频段不统一，势必给读写、查询、跟踪及回溯带来很大的不便，甚至无法享受到RFID带来的任何便利。
(二）信息链问题
采用RFID标签可以对食品供应链全过程中的产品及其属性信息、参与方信息等进行有效标识。进行食品跟踪与追溯要求食品供应链中的每一个加工点，不仅要对自己加工生产的产品进行标识，还要采集所加工的食品原料上已有的标识信息，并将其全部信息标识在加工成的产品上，以备下一个加工者或消费者使用。这好比一个环环相扣的链条，任何一个环节断了，整个链条就脱节了。而食品行业供应链中跨环节之间的联系比较脆弱，这是实施跟踪与追溯的*大问题。
(三）成本问题
目前影响RFID的爆发式大规模应用，价格是一个很重要的因素。真的做到单件产品都贴有RFID标签，势必要求标签价格非常低，像现在的条码一样。如果成本能做到基本忽略时，大规模的爆发应用也就随之发生了。
条码自动识别技术在肉菜追溯应用中面临的问题
目前，对食品供应链安全管理的手段还不是很多，传统的方法无法实现追溯管理，某些食品行业中用到了条形码技术以进行安全追溯。但这种方法一般均采用人工方法近距离读取条码，无法做到实时快速地获得大批食品的质量信息，而且在流通环节上也无法提供食品所处环境信息的实时记录。
